ЛИЕН с начала своего образования является инновационным образовательным учреждением как по форме так и по содержанию. Лицей был первым в Саратовской области негосударственным общеобразовательным учреждением и школой при вузе. Это обязывало администрацию лицея разработать как нормативно-правовую базу так и содержание образования, что способствовало открытию подобных структур во многих вузах города Саратова.
Развитие ЛИЕН как инновационного образовательного учреждения проходило в несколько этапов:
- 1 этап. ЛИЕН – школа довузовского образования (1992-2002 гг.).
- 2 этап. ЛИЕН – профильная школа при вузе (2002-2008гг.).
- 3 этап. ЛИЕН – школа успеха (2008-2013 гг. ).
- 4 этап. ЛИЕН – школа выращивания интеллекта (2014-2019 гг. ).
Первые два этапа развития позволили отработать содержательную и технологическую стороны образовательного процесса. ЛИЕН за эти годы стал лидером в освоении технологии профильной и уровневой дифференциации, блочно-модульной технологии, технологии проектной деятельности, информационно-коммуникационных технологий.
Накопленный опыт первых двух этапов позволил лицею стать победителем регионального этапа «Лучшие школы России» и представлять регион на Всероссийском этапе конкурса. Пройдя экспертизу образовательных инициатив ЛИЕН вошел в тридцатку лучших школ России. Также лицей стал победителем Конкурса образовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы в рамках Приоритетного Национального Проекта «Образование».
Опыт работы этого периода широко освещался во многих журналах и научных сборниках, в которых вышло более 50 статей. За этот период изданы два сборника «Инновационная методология довузовского образования», альманах «Практика современного довузовского образования», в приложении журнала «Директор школы» опубликована монография директора ЛИЕН Коннычевой Г.Г. «Реализация образовательной модели лицея как профильной школы при вузе».
Накопленный инновационный опыт дал возможность лицею стать активным членом международной сети продуктивных школ «INEPS» и плодотворно сотрудничать по обмену опытом работы с международными организациями по проблемам продуктивного образования в современной школе.
На следующих этапах развития инновационная деятельность лицея направлена на реализацию принятых Программ развития «ЛИЕН - школа успеха» и «Создание развивающей образовательной среды ЛИЕН как школа выращивания интеллекта» (первая Программа развития «ЛИЕН – профильная школа при Вузе» была принята в 2005 году).
В этот период ЛИЕН добился статуса «Школа ЮНЕСКО» (2008 г.), активно осуществляет инновационную деятельность по основным направлениям Проекта «Ассоциированных школ ЮНЕСКО», взаимодействует со многими школами региона и России по обмену педагогическим опытом.
В 2009 г. Министерство образования Саратовской области присвоило лицею статус «Образовательное учреждение – ресурсный центр»; в том же году на базе лицея была создана Муниципальная научная лаборатория «ЛИЕН как школа развития личности».
В 2013 г. по результатам экспертизы проекта «Создание продуктивной образовательной среды «Школа выращивания интеллекта» как способ формирования саморазвивающейся личности», лицею присвоен статус Федеральной инновационной площадки.
С 2016 года ЛИЕН реализует проект, посвященный вопросам мотивации школьников как региональная инновационная площадка.
В этот период в лицее реализуются новые инновационные проекты:
- ежегодный лицейский конкурс «Persona Grata»;
- летний лагерь лицеистов «Березка»;
- интеллектуальная квест-игра «Лукоморье».
Некоторые инновационные проекты являются значимыми не только для коллектива ЛИЕН, но и для общественности региона:
- систематические выставки картин Саратовских художников в лицее;
- ЛИЕН стал площадкой проведения «Тотального диктанта»;
- организатором первого в регионе образовательно-развлекательного флеш-моба по математике MathCat;
Опыт развития ЛИЕН как инновационной школы интересен тем, что охватывает все составляющие образовательной среды, весь комплекс направлений работы современной школы; все инновации ЛИЕН возникают в стенах этого учебного заведения за счет собственных внутренних ресурсов, здесь же доводятся до состояния «продукта», готового к диссеминации и имеющего ценность для других школ.